特殊染色是指與普通染色即蘇木精和伊紅（HE）染色相對而言的組織切片染色技術。它主要是利用組織和細胞對染料的親和力、攝取及丟失速率等物理學特性的差異進行組織染色，從而顯示正常和病理的組織與細胞中某些特定成分，如結締組織、肌肉組織、神經組織等。

1.剛果紅：證實某些腫瘤中存在淀粉樣物而做出診斷和鑒別診斷，如甲狀腺髓樣癌、肺小細胞癌和胰島細胞瘤等。局限性淀粉樣物沉積癥（淀粉樣瘤）的診斷及鑒別診斷，喉、舌、肺、皮膚、眼和膀胱等處淀粉樣瘤可以用淀粉樣物染色顯示，用以與其他腫瘤和瘤樣病變（如聲帶息肉、顆粒細胞瘤、鈣化上皮瘤與炎性假瘤等）鑒別。

                                                       甲狀腺髓樣癌剛果紅染色

2.阿辛藍：阿辛藍是一種陽離子染料，與酸性基團形成鹽后，使胞質中的酸性粘多糖染成藍色，定位于胞質內。

                                                              脛前黏液水腫阿辛藍染色

3.抗酸染色：抗酸染色是一種細菌染色法，能夠將分枝桿菌染成紅色而其他的細菌為藍色?？捎糜诮Y核桿菌、麻風桿菌、非典型分枝桿菌等的診斷。

                                                               結核感染抗酸桿菌染色

4.Mason三色染色:纖維組織或膠原纖維呈綠色,肌組織呈紅色。三色染色主要用于區分膠原纖維與肌纖維及其他成分，包括以下幾個方面：鑒別瘢痕組織與淀粉樣物或纖維素，鑒別梭形細胞腫瘤為纖維源性還是肌源性或神經源性，證實早期肝硬化小葉之間有少量增生的膠原纖維，尸檢時證實心肌梗死中的瘢痕灶。

                                                              腎穿刺組織Mason三色染色

5.彈力纖維染色：彈力纖維是一種纖維，又名黃纖維，在人體中分布廣，主要分布于皮膚、肺、動靜脈、結締組織以及韌帶、彈性軟骨中，尤以大動脈和肺最常見。它呈細絲狀，位于細胞外基質，主要由彈性蛋白和微纖維構成。彈力纖維呈藍黑色，膠原纖維呈紅色，肌纖維和紅細胞呈黃色。 在肺癌中判斷有無胸膜侵犯：彈力纖維染色用于判斷肺癌是否有臟層胸膜侵犯，有助于評估肺癌患者的預后，有臟層胸膜侵犯的患者預后較差。彈力纖維瘤的診斷：彈力纖維染色可見瘤樣病變內有大量彈力纖維增生，非真性腫瘤。有彈力板者為動脈，有彈力纖維構成血管輪廓者為血管。

                                                                    彈力纖維瘤彈力纖維染色

6.MGG染色：將細胞核染成紫紅色，細胞質和核仁染成藍紫色。邁格姬(MGG)染色,有邁-格氏染液和姬氏染液兩種成分。用于胸腹水、尿液、乳頭溢液及細針穿刺的細胞涂片染色,具有簡單、省時,并能有效地顯示胞漿、胞核的微紙結構及細胞內外某些化學物質等特點。 MGG染色因未經乙醉固定,細胞不收縮,鏡檢時同樣的細胞要比HE染色時約大半倍,且核仁、核分裂象等特征顯示更清楚。因此,對小細胞性腫瘤如血液病、淋巴耀等診斷非常有利。卵巢漿液性囊腺癌腹術的MGG色徐片中,能顯示單個癌細胞表面的絨毛樣突起,鮮艷紅染,位于細胞一側非常醒目,可被認作特異性診斷指標。再結合腺癌細胞的一般特征及乳頭樣結構,即可診斷。 MGG染色涂片中,涎腺腫瘤的成團粘液樣基質可染成鮮艷的猩紅色,其邊緣可呈放射狀,毛刷狀或細絲狀不規則形,也可呈絲狀或薄紗狀圍繞瘤細胞分布。MGG染色的腮裂囊腫、表皮囊腫等穿刺涂片,膽固醇結晶呈長方形正方形及菱形等多種形態,數量多選亮而有折光;吞噬細胞中的含鐵血黃索顆粒呈暗綠色,在紫紅、紫藍色的背景中清晰可見。MGG染色對細菌及霉菌染呈紫藍色,退變細胞核染呈淺紫紅色不規則云霧狀,因而色淺醍目。

                                              MGG染色：細胞核呈紫紅色，細胞質呈藍紫色

7.網狀纖維染色。

網狀纖維是一種纖細的纖維。它沿著網狀細胞和突起分支,并互相交織成網,因而被稱為網狀纖維,又因這種纖維對銀的浸染著色特別顯著。故又稱為嗜銀纖維。主要分布于骨髓、脾、淋巴結、肝和肺等臟器。癌組織中間未見有網狀纖維,但在其邊緣可見有大量的網狀纖維圍繞,俗稱癌巢。網狀纖維呈黑色。

鑒別癌與肉瘤，區分血管內皮腫瘤和血管外皮腫瘤，區分腦膜瘤與星形細胞瘤，觀察肝臟病變中肝組織纖維化。

                                                     肝組織網狀纖維染色

8..親銀和嗜銀細胞染色主要用于證實神經內分泌細胞及相關腫瘤。

(1)親銀染色:腸嗜鉻細胞中,含有其他胺類激素(5-羥色胺)的細胞顯示黑色胞質顆粒。

(2)嗜銀染色:含有胺類激素和馱類激素(神經肽)的細胞顯示黑色顆粒。甲狀腺髓樣癌、垂體腺瘤、胰島細胞瘤、皮膚Merkel細胞癌與小細胞癌大多嗜銀染色陽性。

胃腸道神經內分泌腫瘤（類癌）大多嗜銀染色陽性，而少數親銀染色陽性（主要是起源于中腸的類癌，少數起源于后腸）。另外，這些銀染色法也可以用于證實網狀纖維和黑色素。

                Masson-Fontana黑色素銀浸染色法

黑色:黑色素及銀細胞顆粒

9.PAS染色:顯示糖原、一些中性黏多糖、富于涎酸的酸性黏多糖。PAS染色法可以用于證實糖原、中性黏液、基膜、某些真菌和寄生蟲等。

證實含有糖原的腫瘤：如肝細胞癌、腎透明細胞癌、肺糖原瘤、卵巢透明細胞癌、透明細胞汗腺瘤、Brenner瘤、骨骼肌肉瘤及Ewing肉瘤等。證實早期癌有無基膜突破：結合銀染法證實早期癌有無基膜突破及某些腎病中腎小球毛細血管基膜的明顯增厚。

證實某些PAS陽性真菌：如白色念珠菌、莢膜組織胞漿菌、隱球菌和芽生菌等。

                                                                      腎小球基底膜PAS染色